In 2007 diende het advocatenkantoor Covingtoh & Burling LLP, dat de belangen behartigt van zeven Spaanse investeerders - de aandeelhouders van Yukos, een rechtszaak aan tegen Rusland bij het Stockholm International Arbitration Court. Eisers eisten schadevergoeding van de Russische regering, daarbij verwijzend naar het feit dat zij als gevolg van het optreden van de staat en gerechtelijke autoriteiten van de Russische Federatie financiële verliezen hebben geleden. En volgens de Russisch-Spaanse overeenkomst over de wederzijdse bescherming van investeringen moeten verliezen die investeerders lijden als gevolg van illegale acties van de staat worden vergoed.
De essentie van de rechtszaak was dat de Russische zijde YUKOS opzettelijk failliet liet gaan, wat financiële schade aanrichtte aan de aandeelhouders van het bedrijf. De bevoegde personen uit Rusland, die in de arbitrage van Stockholm als gedaagden verschenen, erkenden de claim niet, omdat naar hun mening het Yukos-management lange tijd op bijzonder grote schaal belasting heeft ontdoken en andere wetsovertredingen heeft begaan van de Russische Federatie. Dit is precies wat de strafzaken tegen het YUKOS-management veroorzaakte, evenals het faillissement.
Het arbitragetribunaal van Stockholm koos echter de kant van de eisers en oordeelde dat Rusland hun $ 2,7 miljoen zou moeten betalen als compensatie voor de geleden verliezen. Het bedrag van de verliezen werd berekend op basis van het bedrag van de kapitalisatie van YUKOS op het moment van haar faillissement. De beslissing van het arbitragehof benadrukte dat de belastingclaims slechts een voorwendsel waren voor de inbeslagname van Yukos-activa, en het eigenlijke doel van de strafrechtelijke vervolging van het management van het bedrijf was de wens om niet legaal belastingen te innen, maar om het bedrijf te onteigenen. Dat wil zeggen, de rechtbank kwam tot de conclusie dat de Russische zijde YUKOS opzettelijk failliet heeft laten gaan, zodat de staatsbedrijven Rosneft en Gazprom het grootste deel van haar activa zouden krijgen. Opgemerkt moet worden dat dit al de tweede beslissing is van het Arbitragehof van Stockholm, die Rusland niet gunstig gezind was op basis van de vorderingen van de aandeelhouders van Yukos.
Waarom verliest Rusland dergelijke claims in het internationale arbitragehof? Men kan natuurlijk spreken van een massale propagandacampagne, waardoor het voormalige hoofd van Yukos, M. Chodorkovsky, in de ogen van de westerse publieke opinie optrad als een oppositionele die leed voor zijn politieke en democratische overtuigingen. Men kan wijzen op een zeer onvriendelijke houding van de heersende kringen van Zweden jegens Rusland. Niettemin blijft het een feit: in het Westen menen ze dat de Russische autoriteiten in de Yukos-affaire het eigendomsrecht hebben geschonden. En het begrip 'eigendom' is daar heilig.
Een soortgelijk besluit werd genomen door het Hof voor de Rechten van de Mens in Straatsburg, dat weliswaar toegaf dat de vervolging van Yukos en zijn leiderschap niet politiek gemotiveerd was, maar toch ook wees op de schending van eigendomsrechten bij de herverdeling van de activa van het bedrijf.
